Os discentes do PROFQUI elaboram uma dissertação de Mestrado formal e um produto educacional voltado para a educação básica.
Todas as produções e dissertações do PROFQUI pertencem à área de concentração da Química e estão distribuídas em 4 linhas de pesquisa, denominadas LP-1 (Novas tecnologias e comunicação), LP-2 (Química Ambiental e energia), LP-3 (Química da vida) e LP-4 (Novos materiais).